L’histoire de la commune de Saint-Morillon débute au XIe siècle, date à laquelle est estimée l’origine de l’église.

Le Gât-Mort traverse le village, la famille de Lalande est seigneur de Saint-Morillon rive gauche. D’autres le sont de la rive droite (peut-être un Remond de Bosco ?) qui prêtent hommage au roi d’Angleterre, duc d’Aquitaine en 1274. Le village est scindé en deux huit siècles durant. La fin de la guerre de Cent ans (1453) accentue le phénomène. Louis XI, puis Louis XII rendent aux Lalande leur seigneurie confisquée après 1453 pour « collaboration » avec les Anglais. Ils leur reconnaissent le titre de baron (1507) y compris sur Saint-Morillon de La Brède.
En revanche, la rive droite va dépendre directement du roi de France avec huit autres villages. En 1584, Henri IV vend Saint-Morillon de Barsac à un certain J. de Sauvage. Après plusieurs reventes, le village est finalement cédé en 1746 à Montesquieu lui-même. Le village compte alors environ 800 habitants.

Dès 1747, Montesquieu obtient du roi par lettres patentes, l’autorisation de réunir Saint-Morillon de Barsac à sa seigneurie. Il faudra cependant attendre 1838 avant que cette réunification ne soit symbolisée par la construction d’un pont de pierre d’une seule arche.
En 1790, Saint-Morillon élit son premier conseil municipal et en 1792, Saint-Morillon se réveille en République.

Au XIXe siècle, le village s’organise : achat de bâtiment pour la création de l’école (1855), achat d’un bâtiment qui accueillera plus tard la mairie (1865), création d’un bureau de poste municipal (1877) et une ligne de chemin de fer qui passe par Peyron (1882).

Au XXe siècle, l’électrification de la commune devient effective (1927), une salle des fêtes voit le jour (1930) et l’eau courante arrive (1960). Avec l’arrivée de l’autoroute, Saint-Morillon n’est plus qu’à une demi-heure de Bordeaux et la population communale, de 435 habitants en 1945 passe à 1 100 habitants en 1999.

Aujourd’hui, Saint-Morillon compte plus de 1 600 habitants et continue d’écrire son histoire.