Un contrat Natura 2000 peut être signé entre le préfet et toute personne physique ou morale, publique ou privée :

• titulaire de droits réels et personnels sur des terrains inclus dans un site classé Natura 2000,

• ou professionnel ou utilisateur des espaces marins situés dans le site.

Les contrats Natura 2000 portent sur des activités de gestion des sites dans le but de conserver ou de rétablir l'habitat naturel et les espèces, notamment :

• débroussaillage et fauche d'entretien,

• équipements et gestion pastorale,

• réhabilitation, plantation et entretien de haies, d'arbres, etc.,

• création ou rétablissement et entretien de mares,

• entretien des berges,

• curage des canaux et fossés dans les zones humides,

• aménagement contre l'envasement des étangs, lacs et plans d'eau.

• lutte contre l'érosion des dunes.

Pour être conclu, un contrat Natura 2000 doit être nécessaire ou directement lié à la gestion d'un site classé Natura 2000 et porter sur des activités non productives.

Les différents types de contrats sont :

• les contrats Natura 2000 ni agricoles ni forestiers (dits « ni-ni »),

• les contrats Natura 2000 forestiers,

• les mesures agri-environnementales territoriales Natura 2000,

• les contrats marins.

Il peut aussi porter sur des mesures agri-environnementales territoriales (MAET Natura 2000), qui concernent uniquement les exploitants agricoles et les surfaces agricoles déclarées à la PAC.

Les contrats Natura 2000 marins s'adressent en particulier :

• aux professionnels de la mer et leurs instances de représentation,

• aux gestionnaires du domaine public maritime (société d'économie mixte responsable d'une installation portuaire par exemple)

• aux utilisateurs du domaine public maritime (association de plaisanciers par exemple).

Tous les contrats Natura 2000 doivent respecter le document d'objectif (Docob) fixé pour chaque site et les modalités de versement des aides.

Ils doivent indiquer notamment :

• le descriptif des opérations permettant de réaliser les objectifs de conservation ou de restauration,

• les engagements qui donnent lieu au versement d'une contrepartie financière et son montant, sa durée et les modalités de versement,

• les points de contrôle et les justificatifs à produire pour de vérifier le respect des engagements.

Le contrat est signé pour une durée de 5 ans.

La personne qui souhaite mener une action éligible au contrat Natura 2000 doit effectuer une demande de subvention pour le contrat :

• ni agricole-ni forestier : cerfa n°13628*02

• forestier : cerfa n°13627*02

La demande de paiement doit être effectuée en remplissant :

• le formulaire cerfa n°13765*01 pour un contrat forestier,

• le formulaire cerfa n°13763*01 pour un contrat ni agricole-ni forestier.

Le préfet peut effectuer des contrôles sur pièces et sur place pour vérifier la bonne exécution des engagements.

En cas de non-respect des obligations contractuelles, il peut :

• suspendre, réduire ou supprimer tout ou partie des aides,

• résilier le contrat,

• faire procéder à la remise en état du site.

Les aides de l'État peuvent aussi faire l'objet d'un remboursement.