Les différences entre les 2 types de fondation sont les suivantes ::

• l'objet d'une fondation partenariale est nécessairement et exclusivement lié au développement de l'enseignement supérieur et de la recherche publique,

• elle est nécessairement créée sur l'initiative d'un établissement public à caractère scientifique fondateur,

• les particuliers peuvent être cofondateurs,

• elle peut recevoir dons, donations et legs,

• ses statuts peuvent l'autoriser à abriter des fondations sous son égide,

• ses statuts comportent nécessairement un conseil d'administration, où siègent majoritairement des représentants du ou des établissements publics à caractère scientifique fondateurs,

• la déclaration et la demande d'autorisation sont effectuées auprès du recteur d'académie compétent pour la commune où elle a son siège social (et non auprès du préfet de département),

• en cas de dissolution, son patrimoine est dévolu à une ou à plusieurs des autres fondations partenariales ou des fondations universitaires créées par l'établissement à caractère scientifique à l'origine de la fondation (ou, à défaut, à l'établissement lui-même).