L'agent, titulaire ou contractuel, qui tombe malade pendant une période de congé annuel doit transmettre à son employeur un arrêt de travail établi par un médecin.

Il appartient à l'autorité hiérarchique de l'agent d'apprécier si l'intérêt du service ne s'oppose pas à l'attribution du congé de maladie, en raison des conséquences du report de la fraction de congé annuel non prise. Elle peut l'accorder ou de le refuser en conséquence.

L'administration peut demander une contre-visite par un médecin agréé afin de vérifier l'état de santé de l'agent.